研究所建有五个科研中心,六个科技支撑中心。科研中心分别是实验动物资源研究中心、慢性疾病研究中心、感染性疾病研究中心、替代研究中心和生物信息研究中心,设有23个课题组,主要研究领域包括:实验动物和动物模型的培育和研制技术,以动物模型为基础的人类重大慢性疾病和感染性疾病的比较医学研究,以及替代研究。研究所是中国实验动物学会、全国实验动物标准化技术委员会的依托单位,主办两本双核心中文期刊,及我国实验动物学领域唯一的英文期刊《Animal Model and Experimental Medicine》,拥有亚洲国际实验动物科技人才培训基地。